Path: Top > S2-Theses > Chemistry-FMIPA > 2008

STUDI PENDAHULUAN GEN PENGKODE LUMBROKINASE DARI CACING TANAH Lumbricus rubellus

Master Theses from JBPTITBPP / 2017-09-27 15:39:38
Oleh : INDIRA LANTI KAYAPUTRI (NIM 20505003), S2 - Chemistry
Dibuat : 2008, dengan 7 file

Keyword : Lumbricus rubellus, Lumbrokinase, mRNA, DNA kromosom, RT-PCR, PCR

Cacing tanah Lumbricus rubellus (Red Word) sejak zaman dahulu banyak digunakan sebagai obat tradisional untuk mengobati stroke. Lumbrokinase yang diproduksi oleh cacing tanah spesies L. rubellus memiliki aktifitas fibrinolitik. Lumbrokinase terbagi menjadi enam kelompok, yaitu F-III-2, F-III-1, F-II, F-I-2, F-I-1, and F-I-0. Enzim yang memiliki aktivitas fibrinolitik dengan aktivitas mirip protease serin, yaitu kelompok F-III. Adapun karakterisitik dari enzim ini, yaitu stabil pada suhu 60 derajat C dan memiliki rentang pH antara 2 dan 11.





Cacing tanah spesies L. rubellus sangat bermanfaat bagi manusia. Namun perlu diperhatikan pula, jumlah produksi lumbrokinase dari setiap ekor cacing tanah sangat terbatas, sehingga diperlukan teknik khusus untuk meningkatkan jumlah produksi lumbrokinase, seperti teknik DNA rekombinan.





Tujuan dari penelitian ini, adalah untuk mengisolasi gen lumbrokinase dari L. rubellus galur lokal untuk ditentukan urutan nukleotidanya. Dalam penelitian ini, telah diisolasi RNA total, mRNA, dan DNA kromosom dari L rubellus galur lokal. Kemudian, DNA dan RNA yang dihasilkan digunakan sebagai templat dalam proses PCR dan RT-PCR sehingga dapat dihasilkan DNA dan cDNA yang mengode gen lumbrokinase.





Primer yang digunakan merupakan hasil perancangan dengan menggunakan urutan nukleotida yang telah dipublikasikan dengan nomor akses AF304199, ABO45719, dan ABO45720 yang diperoleh dari Gene Bank. Program yang digunakan pada perancangan primer, yaitu Clustal X, DNA Star, dan Gene Doc program Primer Select serta Edit Seq.





Proses amplifikasi menggunakan metode PCR dan RT-PCR menghasilkan fragmen DNA berukuran sekitar 300 pb. Hasil produk amplifikasi yang diharapkan, yaitu sekitar 500 sampai 800 pb. Elektroforegram urutan nukleotida menunjukkan bahwa produk PCR merupakan campuran fragmen DNA. Hasil ini menunjukkan bahwa rancangan primer tidak menempel secara spesifik pada gen target lumbrokinase. Pada masa yang akan datang, sangat diperlukan perancangan degenerate primer berdasarkan residu asam amino dari lumbrokinase yang diperoleh dari L. rubellus galur lokal.

Deskripsi Alternatif :

Earthworm Lumbricus rubellus (Red Worm) has been used as a traditional medicine for combating stroke. Lumbrokinase produced by earthworm species of L. rubellus shows fibrinolytic activity. Lumbrokinase consists of 6 (six) cluster, which are defined as F-III-2, F-III-1, F-II, F-I-2, F-I-1, and F-I-0. The enzyme possessing serine-like-protease activity is F-III cluster. The F-III cluster are stable at 60 degrees C and has wide range of pH between 2 and 11.





Earthworm species of L. rubellus is very useful for human being. However it should be noticed that the amount of lumbrokinase produced from each worm is very limited, hence special technique for increasing the amount of protein, such as recombinant DNA technique, is required.





The aim of the research was to isolate lumbrokinase gene from local L. rubellus and to determine its nucleotide sequence. Total RNA, mRNA, and chromosomal DNA of L. rubellus have been isolated. The resulted DNA and RNA were the used as templates in PCR and RT-PCR process to produce DNA and cDNA coding lumbrokinase gene.





The primers used were designed based on published sequences with accession numbers of AF304199, ABO45719, and ABO45720 obtained from Gene Bank. Clustal X, DNA Star, and Gene Doc program Primer Select, Edit Seq, and Seqman, were used in the primer design.





Amplification process using PCR and RT-PCR methods produced DNA fragments with the size of about 300 bp. The expected size of the amplified product was between 500 and 800 bp. Electrophoregram of nucleotide sequencing analysis showed that the PCR products were a mixture of DNA fragments. These results indicate that the designed primers could not bind specifically to the targeted lumbrokinase gene. In the future it is necessary to design a degenerate primer based on amino acid residues of lumbrokinase purified from local L. rubellus.

Copyrights : Copyright Â(c) 2001 by ITB Central Library. Verbatim copying and distribution of this entire article is permitted by author in any medium, provided this notice is preserved.

Beri Komentar ?#(0) | Bookmark

PropertiNilai Properti
ID PublisherJBPTITBPP
OrganisasiS
Nama KontakUPT Perpustakaan ITB
AlamatJl. Ganesha 10
KotaBandung
DaerahJawa Barat
NegaraIndonesia
Telepon62-22-2509118, 2500089
Fax62-22-2500089
E-mail Administratordigilib@lib.itb.ac.id
E-mail CKOinfo@lib.itb.ac.id

Print ...

Kontributor...

  • Pembimbing : Zeily Nurachman, D.Sc. dan Dr. Dessy Natalia, Editor: Rizki Apriyanti

File PDF...