GDL

Nucleotide Sequence of COII/tRNALys Intergenic Region in Mitochondrial DNA from Different Sample in an Individual

Undergraduate Theses from JBPTITBPP / 2007-09-12 09:51:02
Oleh : Christina Mira Supena (105 03 035), S1 - Department of Chemistry
Dibuat : 2007-06-00, dengan 7 file

Keyword : polymorphisms, 9-bp deletion

Abstrak:

DNA mitokondria (mtDNA) mudah mengalami mutasi terutama pada daerah Hypervariable Segmen 1 (HVS1) dan Hypervariable Segmen 2 (HVS2) dalam control region yang disebut D-loop. Analisa polimorfisme daerah tersebut banyak digunakan untuk mempelajari sejarah evolusi manusia, hubungan antar etnis, dan migrasi populasi tertentu. Daerah antargen COII/tRNALys juga menunjukkan polimorfisme dalam genom mtDNA. Daerah tersebut dapat mengalami delesi 9-pb yaitu hilangnya satu kopi urutan berulang CCCCCTCTA. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui apakah urutan nukleotida daerah antargen COII/tRNALys yang berasal dari jaringan berbeda dalam satu individu memiliki pola mutasi yang sama. Dalam penelitian ini digunakan sampel yang berasal dari jaringan rambut, epitel rongga mulut, dan darah dari satu individu. Templat mtDNA masing-masing sampel diperoleh melalui lisis sel. Templat kemudian diamplifikasi dengan metoda Polymerase Chain Reaction (PCR), diamati dengan elektroforesis gel agarosa, dan dilanjutkan dengan penentuan urutan nukleotida serta analisis hasilnya. Hasil PCR menunjukkan satu pita fragmen berukuran 0,4 kb. Hasil sekuensing dalam bentuk elektroforegram ketiga sampel memiliki urutan nukleotida masing-masing sebanyak kurang lebih 390 pb. Analisa urutan nukleotida dengan pembanding Cambridge Reference Sequence (CRS) menunjukkan adanya mutasi delesi 9-pb pada daerah antargen COII/tRNALys untuk ketiga sampel. Hal ini membuktikan bahwa untuk identifikasi individu dapat menggunakan salah satu dari jaringan tersebut sepanjang berkaitan dengan delesi 9-pb.

Deskripsi Alternatif :

Abstract:

The control region of human mitochondrial DNA (mtDNA), the displacement loop (D-Loop), is the most polymorphic region that are concentrated in the Hypervariable Segment 1 (HVS1) and Hypervariable Segment 2 (HVS2). Polymorphisms in that region commonly used to study human evolution, ethnic relationship, and migration of population. The COII/tRNALys intergenic region is one of the most studied mtDNA polymorphisms, which can show 9-bp deletion because of lost tandem sequence CCCCCTCTA. The aim of this study was to know whether nucleotide sequence of COII/tRNALys intergenic region in different tissue from an individual has the same mutation. This study used different sample from an individual, there are hair, blood, and ephitel of mouth. The sequences of 0.4 kb PCR fragment from mtDNA confirmed COII/tRNALys intergenic region. Electrophoregrams showed no different sequence in all samples and each sample has nucleotide sequence approximately 390 bp. Analysis of nucleotide sequence with standard CRS (Cambridge Reference Sequence) showed deletion 9-bp mutation in COII/tRNALys intergenic region. The result make sure that individual identification can be investigated with only one of those samples as long as related to 9-bp deletion.

Copyrights : Copyright (c) 2007 by ITB Central Library. Verbatim copying and distribution of this entire article is permitted by author in any medium, provided this notice is preserved.

Beri Komentar ?#(0) | Bookmark

Properti	Nilai Properti
ID Publisher	JBPTITBPP
Organisasi	S1 - Department of Chemistry
Nama Kontak	Drs. Mahmudin, SIP.
Alamat	Jl. Ganesha 10
Kota	Bandung
Daerah	Jawa Barat
Negara	Indonesia
Telepon	62-22-2509118, 2500089
Fax	62-22-2500089
E-mail Administrator	digilib@lib.itb.ac.id
E-mail CKO	digilib@lib.itb.ac.id